L'Ifcass est financé par trois biais : le programme 138 pour les frais pédagogiques et les passeports mobilité-étudiants, à hauteur d'1,6 million d'euros ; une participation de 150 000 euros du conseil régional de Haute-Normandie ; enfin une subvention de fonctionnement d'1,6 million sur le programme 177 du ministère de l'écologie. Lors de la dernière discussion budgétaire, il avait été envisagé de ramener cette dernière subvention à 800 000 euros en 2011 et de la supprimer en 2012. Après une délibération interministérielle, il a été convenu de maintenir la contribution du programme 138 et de ramener celle du programme 177 à 600 000 euros en 2012, à 300 000 euros en 2013, puis à rien en 2014. Le complément - 1 million en 2012, 1,3 million en 2013 - doit provenir des conseils régionaux d'outre-mer et de Haute-Normandie, ce qui n'est pas aberrant puisqu'il s'agit de formation professionnelle. Mme la ministre de l'outre-mer a adressé le 3 août un courrier en ce sens aux présidents des conseils régionaux intéressés, et les discussions sont en cours. Aucun engagement n'a été pris pour le moment.