Enfin, la commission a procédé à l'audition de M. Jean-Marc Bournigal, directeur général de l'alimentation, et de M. Olivier Mary, chef de division d'administration des services de contrôle sanitaire au ministère de l'agriculture et de la pêche.
a tout d'abord précisé qu'il était responsable, au sein du ministère de l'agriculture, d'une direction de nature régalienne gérant des problématiques sanitaires et de traçabilité, plus que de développement économique. Il a ensuite souligné le problème de spécialisation territoriale existant, dans la filière ovine, entre naisseurs, engraisseurs et abatteurs, et donnant lieu à près de 10 millions de déplacements annuels d'animaux, soit quatre fois plus que dans la filière bovine. Il a expliqué cette situation par l'absence de centres d'abattage dans certaines zones territoriales, et précisé qu'elle entraînait un renchérissement des coûts.
Estimant que l'état sanitaire du cheptel français était globalement bon, même si la tremblante faisait encore l'objet d'un programme de lutte, il a souligné l'importance des petites exploitations -50 000 sur 130 000- rendant délicate l'identification des animaux et leur intégration dans des plans sanitaires. Notant que le régime d'indentification des caprins était souvent rapproché de celui des ovins, il a indiqué que l'identification électronique, prévue pour 2008 pour tous les animaux en mesure de se mouvoir, permettrait une identification individuelle des bêtes.