La crise financière de la fin des années 1980 a renforcé le souci de protéger le régime car la population y est très attachée. Elle explique donc largement le niveau des réserves et les modalités prudentes de gestion. En outre, on peut noter que le niveau des salaires est globalement plus élevé en Alsace que dans le reste de la France, ce qui permet un niveau de ressources important, mais cet argument ne vaut pas pour la Moselle.
La gestion de cette réserve est très encadrée au niveau réglementaire ; elle n'est aucunement spéculative et ne peut pas être assimilée à la logique à long terme d'un fonds de pension.
En ce qui concerne les marges d'amélioration, le décret organisant le régime lui permet de contribuer à des actions de prévention dans la limite de 0,5 % des prestations versées. Aujourd'hui, en lien avec les ARS, ce budget s'élève à 0,13 % et est principalement destiné aux cancers et maladies cardio-vasculaires. En outre, le régime souhaitait accélérer la pénétration des génériques en les remboursant à 100 %, mais les développements informatiques nécessaires à la mise en oeuvre de cette mesure étaient trop importants selon la Cnam. Cette proposition présente d'ailleurs moins d'actualité depuis que les génériques ont pris, malgré tout, une part non négligeable du marché du médicament en France.
Le régime local est très lié au régime de base mais il n'est pas possible de reconstituer les comptes de ce dernier à un niveau régional. Le régime d'Alsace-Moselle connaît des coûts de gestion réduits et subit moins que les autres organismes complémentaires le contrecoup des désengagements de l'assurance maladie, car il intervient non pas sur le reste à charge pour l'assuré mais sur le ticket modérateur calculé par rapport au tarif de la sécurité sociale. En outre, la progression des ALD ne peut que soulager les finances du régime local, puisque les dépenses liées sont déjà prises en charge à 100 % par le régime de base.
Enfin, la Cour n'a pas expertisé la question des transfrontaliers, notamment celle de leur affiliation.