Les exploitations pétrolières fonctionnent. La production au Sud vient d'être interrompue, à cause de l'échec des négociations sur ce sujet menées depuis des mois à Addis-Abeba, 80 % de la production provenant de champs situés au Sud. Il existe un litige concernant ceux du district d'Abyei, disputé entre les deux pays, un autre sur les royalties demandées par le Nord pour la traversée de son territoire par l'oléoduc qui conduit à la mer Rouge. Le revenu des gisements fait l'objet d'un partage. Le transport du pétrole fait l'objet de tensions dans la mesure où le seul pipeline en fonctionnement est au nord. Le Sud-Soudan souhaiterait développer un oléoduc en direction de la côte de l'océan Indien au Kenya, mais n'a pour l'instant pas les moyens de financer cet investissement, dont nul ne sait s'il serait rentable.