Le parc marin de Mayotte, créé en janvier 2010, a vocation à coordonner le développement durable de l'ensemble des activités de façon harmonieuse. Il doit proposer un plan de gestion de l'ensemble des eaux de Mayotte, d'ici fin 2012 ou début 2013, qui intégrera la petite pêche côtière. Ce schéma directeur devra prendre en compte l'ensemble des acteurs. L'IFREMER, dans son rôle d'appui au développement de la pisciculture, aura d'ailleurs des effectifs permanents d'ici deux ans pour participer à l'élaboration de ce plan de gestion.