La gestion des DPU sera assurée, à compter de 2006, par le ministère de l'agriculture.
Cela dit, une réserve étant gérée au niveau de chaque département, c'est au sein de la commission départementale d'orientation de l'agriculture, la CDOA, qui rassemble l'ensemble des organisations représentatives à l'échelle du département, que les débats portant sur l'utilisation de la réserve auront lieu.