Cette étape pose de très gros problèmes. L'agriculteur doit nettoyer l'intérieur de son matériel, car il utilise différents produits selon les cultures, mais aussi l'extérieur du matériel. Il existe des dispositifs embarquant de l'eau claire pour pouvoir nettoyer l'intérieur du réservoir dans le champ. Le rinçage extérieur, beaucoup plus compliqué, nécessiterait des quantités embarquées très importantes, si bien qu'il se fait le plus souvent dans la cour de ferme, d'où des problèmes d'eaux usées à traiter. Il existe un arsenal réglementaire en la matière, mais son application est quasiment impossible, notamment en zone viticole. Les marges de progrès sont encore importantes.