Le schéma d'indemnisation repose sur la mise en place par le préfet d'une mission d'enquête sur la zone sinistrée, puis la réunion d'un comité départemental d'expertise, qui transmet un dossier de demande de reconnaissance au ministère. Ce dossier décrit le niveau et le type des pertes, leur localisation et leur évaluation. Le Comité national de gestion des risques en agriculture (CNGRA), dont le bureau de M. Bouvatier assure le secrétariat, qui réunit des représentants de la FFSA et des banques entre autres, émet un avis sur le dossier. S'il est favorable, le ministre signe un arrêté de reconnaissance de calamité agricole, qui est publié en mairie. Les agriculteurs déposent leur demande auprès des directions départementales du territoire.
Pour les inondations du sud-est, trois CNGRA se sont réunis. En années normale, il se réunit quatre fois par an, en mars, juin, octobre et décembre. Pour cet événement exceptionnel, un comité spécifique a été réuni dès le 9 février 2012 ; il a reconnu en calamité agricole les parties sinistrées de six premiers départements pour un montant de dommage de 16,57 millions d'euros et un montant prévisionnel d'indemnisation de 4,98 millions d'euros - les acomptes versés aux départements s'élèvent à 30% des indemnisations prévisionnelles et ils sont complétés progressivement. Un autre CNGRA a eu lieu le 21 mars ; il a reconnu les Alpes-de-Haute-Provence. Le prochain CNGRA, le 13 juin, examinera le dossier de la Haute-Corse.
Pour les inondations dans le Var en 2011, un processus particulier a été mis en place. Lors d'un sinistre exceptionnel, un arrêté ministériel peut majorer le barème normal, prévoit le code rural. Celui-ci a été publié le 3 avril 2012. Grâce à lui, les doubles sinistrés de juin 2010 et de fin d'année 2011 bénéficieront d'une majoration de 25 % du barème, même s'ils n'avaient pu obtenir d'indemnisation en 2010 faute d'atteindre les seuils de perte.
On a mis en place une enveloppe spécifique d'indemnisation pour 156 prises en charge représentant 340 000 euros et financées par le ministère de l'agriculture et le fonds d'action sanitaire et sociale de la Mutualité sociale agricole (MSA).
Le conseil général du Var et le conseil régional Paca ont enfin fait usage de la mesure 126, afin de subventionner les exploitations agricoles pour reconstituer leur potentiel de production après des pertes de fonds ou de cheptel. L'enveloppe est en cours de définition.