Pour absorber les décalages de trésorerie au cours de l'année, un fonds de roulement a été constitué dès la création du CAS à hauteur de 1 milliard d'euros. Mais son niveau a ensuite fluctué, notamment parce qu'il a été utilisé comme variable d'ajustement en loi de finances initiale pour assurer l'équilibre entre les recettes et les dépenses du compte. Le fonds de roulement devrait ainsi être inférieur à 600 millions d'euros fin 2012, ce qui peut poser problème s'il y a des retards dans les versements de contributions au CAS. Par exemple, l'année dernière, 313 millions d'euros de subvention du ministère de la défense, pour assurer le paiement de la retraite du combattant et des pensions militaires d'invalidité, n'ont été encaissés qu'en février 2011, et non en janvier. Fin janvier 2011, les comptes du CAS étaient ainsi en déséquilibre de 700 millions d'euros, soit un niveau que ne pourrait absorber le fonds de roulement de 2012.