La rédaction actuelle du projet de loi restreint la trame bleue aux seules eaux de surface, ce qui n’est pas satisfaisant au regard du fonctionnement global des écosystèmes dans les milieux humides. En effet, seule une protection intégrale des écosystèmes aquatiques et humides peut permettre d’assurer son efficacité grâce à une continuité écologique.
La rédaction actuelle du texte est d’ailleurs, une fois encore, en retrait par rapport aux objectifs inscrits à l’article 24 de la loi de programmation relative à la mise en œuvre du Grenelle de l’environnement, qui fait de la trame bleue l’équivalent de la trame verte « pour les eaux de surface continentales et leurs écosystèmes associés ».
La limitation de la trame bleue aux seules eaux de surface méconnaît donc le fonctionnement global de la nature dans les milieux humides. Le respect de la continuité écologique impose par exemple de protéger une rivière dans son ensemble, avec les écosystèmes aquatiques et humides qui lui sont associés.