Pour que le dispositif soit plus lisible et cohérent, le processus de consultation sur la trame bleue doit être identique à celui qui est prévu pour la trame verte : il faut qu’il soit mené à partir d'une négociation avec tous les acteurs concernés et qu’il conduise à l'élaboration des schémas régionaux de cohérence écologique.
Or, tel qu'il est actuellement rédigé, le texte prévoit à l’inverse que ce soient les schémas régionaux de cohérence écologique qui respectent le contenu du SDAGE. En outre, les éléments relatifs à la trame bleue ont d'ores et déjà été introduits dans les projets de SDAGE par additif, sans concertation dans le cadre des comités de bassin.
Ce non-respect des principes de concertation et de discussion préalables inscrits dans le code de l'environnement a conduit les chambres d'agriculture à émettre, dans leur grande majorité, des avis défavorables sur les projets de SDAGE à l'occasion de la consultation institutionnelle.