Les dérogations sont décidées par le Conseil, la Commission continuant à vérifier dans ces cas le respect de la réglementation en matière d'aides d'État.
Le ministère chargé de l'outre-mer défend actuellement auprès de la Commission européenne un projet de lignes directrices spécifiques aux RUP. Le Portugal et l'Espagne sont également concernés. Si ce projet aboutit, il ne restera plus qu'à convaincre la Commission.