Les entreprises de grande distribution ne sont pas toutes organisées de la même façon : il existe un modèle intégré pour Carrefour ou encore Auchan, le magasin étant considéré comme un simple comptoir de vente dans lequel tous les comptes sont centralisés ; il existe aussi un modèle décentralisé, comme chez Intermarché, dans lequel des distributeurs indépendants sont fédérés autour d'un grossiste, ce qui rend complexe l'agrégation des données.
Il faut enfin faire attention aux illusions de la comptabilité analytique, bien qu'elle donne une bonne illustration de la contribution de chaque rayon à la rentabilité globale de l'enseigne. A la lecture des résultats nets rayon par rayon, il est tentant de vouloir remplacer les moins rentables par les plus rentables. En réalité, la boucherie draine de la clientèle vers les autres rayons : en un sens, elle est rentable. De plus, 90 % des charges d'un magasin sont communes à tous les rayons. Leur répartition chaque rayon se fait selon des clés de répartition somme toute assez contestables : nombre d'articles passés en caisse, valeur des articles,...