Sur les 1 126 plaintes soumises par l'administration fiscale en 2012, la CIF en a validé 88 %. Cette proportion est stable dans le temps. La commission retient un seuil de minimis de 100 000 euros, qu'elle peut toutefois abaisser en cas d'intention frauduleuse manifeste, constitué par exemple par l'usage de logiciels de caisse par certains pharmaciens ne comptabilisant pas les recettes en liquide. La CIF n'est pas un organe pré-juridictionnel : elle ne fait qu'émettre un avis sur l'opportunité des poursuites. Elle représente une forme de garantie pour le contribuable, puisqu'elle rejette la proposition de l'administration dans environ 10 % des cas.