Certaines grandes sociétés, qui ont l'expertise juridique suffisante pour exploiter le dispositif, sont de grosses consommatrices du CIR, mais l'on peut s'interroger sur le rapport sur investissement en termes de recherche pour la collectivité.
L'accompagnement des PME par des tiers dans la demande de CIR est également une vraie question. Faut-il un agrément des sociétés de conseil ? Il y a des conseillers qui font de la défiscalisation sans rien connaître au CIR. De nombreux redressements ont concerné des entreprises qui avaient été mal conseillées. Les choses se sont un peu améliorées au cours du temps, mais l'accompagnement des PME reste une problématique d'actualité. Il y a ce problème du conseil fiscal, mais il y a aussi la question de l'expertise des dossiers sur le fond. Selon que l'expert est plutôt proche du monde académique ou du monde de l'entreprise, l'appréciation d'un même dossier va être différente.