Le président de la commission médicale d'établissement, garant de la mise en œuvre du projet médical élaboré sous sa responsabilité, doit être davantage associé au processus de contractualisation interne, conçu comme une déclinaison opérationnelle du projet médical. Il doit, en particulier, pouvoir donner son avis sur l'organisation de l'établissement en pôles d'activité. Dans les CHU, il convient également d'associer à celle-ci le directeur de l'unité de formation médicale et de recherche.