On constate que, à l’heure actuelle, les interprofessions n’œuvrent pas suffisamment en faveur du développement et de la structuration des filières biologiques. À titre d’exemple, le Centre national interprofessionnel de l’économie laitière, le CNIEL, récupère environ 800 000 euros de cotisations auprès des éleveurs laitiers bio, mais n’affecte que 120 000 euros à des actions concernant la filière bio. De fait, les éleveurs de cette filière financent les éleveurs conventionnels. Parallèlement, les acteurs de la filière bio sont insuffisamment associés aux commissions « bio » des interprofessions.
Compte tenu de la volonté politique affichée en faveur de la transition agroécologique et du développement de l’agriculture biologique, il serait opportun d’inscrire dans les objectifs des interprofessions l’obligation de mettre leurs actions en cohérence avec les objectifs nationaux et, par la même, de pallier le vide juridique auquel sont confrontés 5 % des agriculteurs de France, qui paient des taxes qui ne sont pas affectées au développement de leurs activités.