Renvoyer la décomposition de chaque offre régionale en lignes à une négociation nationale entraîne une forme de recentralisation de la gestion du TER. En application du principe de libre administration des collectivités territoriales, l'amendement n° 95 confie à chaque région la responsabilité de fixer elle-même son offre régionale, comme une autorité de transport de plein exercice.