Les circuits budgétaires sont déterminés par les termes de la convention de financement.
En année pleine, tous réseaux confondus, le rendement brut attendu de l'écotaxe, avec un barème de 13 centimes par kilomètre, est de 1,15 milliard d'euros. Les douanes reverseront 150 millions d'euros aux collectivités territoriales au titre des recettes tirées de la circulation sur leurs 5 000 kilomètres de routes. L'Afitf bénéficiera du solde de la recette de la taxe. Elle versera par voie de fonds de concours au programme 203 les sommes nécessaires au paiement des loyers, soit 280 millions d'euros TTC. Le contrat de la taxe poids lourds est signé par l'État, dès lors seul l'État, et non l'Afitf, peut payer cette dépense. La recette nette disponible pour l'Afitf s'élèvera au moins à 700 millions d'euros.
La convention de financement a donc conduit l'État à inscrire par voie de fonds de concours 3,410 milliards d'euros TTC en autorisations d'engagement dans la comptabilité du ministère des transports. Ce montant repose sur une estimation du coût du contrat de 3 326 millions d'euros, initialement majorée de 84 millions de provision pour couvrir une éventuelle variation des taux. Cette provision n'ayant pas été utilisée puisque les taux avaient baissé au moment où le contrat a été « closé », la somme des loyers ressort in fine à 3 246 millions d'euros TTC.