Le dernier chapitre de l'avis est dédié à la gouvernance nationale et territoriale. Il comprend notamment la mise en place d'un comité national de la biodiversité (CNB) dédié à la concertation et à la consultation, en lieu et place de deux instances d'expertise scientifique et technique : le comité de suivi de la stratégie nationale pour la biodiversité (SNB) et le conseil national de la protection de la nature. Le CNB regroupera plusieurs commissions. Il semble souhaitable que des dispositions permettant de mieux articuler les travaux de ces commissions avec le CESE et le CNTE soient prises. Nous pensons également nécessaire de renforcer les liens entre les conseils nationaux de la mer et des littoraux, de l'eau et des paysages, et le CNB.
Les politiques de préservation et de restauration de la biodiversité ne peuvent se passer d'un ancrage territorial. Il existe beaucoup d'outils, comme l'obligation d'établir un schéma régional de développement durable et d'aménagement du territoire (SRDDAT), mais on constate un manque manifeste de cohérence entre les actions. Si la région semble un échelon pertinent pour assurer le chef de filât de cette coordination entre les instances nationales et locales, cette notion n'apparaît pas dans le projet de loi.
Par ailleurs, le fonds européen de développement régional a fait de la protection de la biodiversité un axe prioritaire. Nous estimons donc qu'il doit figurer dans les contrats de plan État-région (CPER), pour mieux optimiser les moyens humains et financiers.