Le financement de la prime d'activité sera assuré par l'État. Le RSA bénéficiait d'un double financement en provenance des conseils généraux pour le RSA « socle » et de l'État pour le RSA « activité ».
La prime d'activité sera quant à elle exclusivement financée par l'État, à travers deux sources existantes : les crédits consacrés au RSA « activité », qui continueront d'être alloués à la prime d'activité, et les financements auparavant dédiés à la prime pour l'emploi, qui seront réorientés vers la prime d'activité.