Le CIR est bien réaffecté au budget du centre ou du service de recherche qui est à l'origine des dépenses de recherche constituant l'assiette du CIR. Bien que le CIR soit perçu par la société mère, il est réalloué aux filiales qui l'ont généré - les conventions d'intégration qui prévoient la neutralité fiscale, c'est-à-dire la grande majorité d'entre elles, en disposent ainsi.
Les principales difficultés identifiées concernant le CIR sont l'instabilité et la façon dont se déroule le contrôle fiscal. Dans la mesure où la recherche se déroule dans le temps, le dispositif pour être efficace doit bénéficier d'une certaine stabilité - or, il est constamment au coeur des débats, soit pour le remettre en cause, soit pour le raboter. Ces débats « polluent » le CIR, ce qui est regrettable.
La deuxième composante de l'instabilité résulte des fréquents changements de doctrine fiscale, bien que la loi reste identique. Le coût budgétaire du CIR pour l'État est certes important, mais une remise en cause du CIR pour les entreprises aurait également un impact très lourd.