Pour en revenir à la sous-traitance, la modification d'avril 2014 est venue remettre en cause la structuration des groupes. Ce changement est lié à une jurisprudence européenne qui avait invalidé le dispositif français, en considérant qu'il fallait traiter de la même façon la sous-traitance conduite en France et la sous-traitance réalisée au sein de l'Union européenne. À partir de là, ont été créés des seuils, entre 2 et 12 millions d'euros selon la situation de l'organisme sous-traitant, afin d'éviter un financement trop important par l'État français de la sous-traitance réalisée à l'étranger. Depuis l'instruction fiscale d'avril 2014, l'entreprise sous-traitante privée agréée ne peut plus bénéficier du CIR, même si elle est domiciliée en France.