Concernant le contrôle fiscal, les grandes entreprises sont constamment en contrôle, y compris sur le CIR. Le recours aux experts du ministère de la Recherche, bien que croissant, n'est pas automatique: ceux-ci sont mobilisés sur demande du vérificateur. Le dialogue avec l'expert, quand il intervient, n'apparaît pas satisfaisant. Les entreprises ne peuvent donc pas s'expliquer sur la nature de leurs projets. Elles ont constaté des rejets de dépenses de recherche et développement de manière forfaitaire : par exemple, seul un certain pourcentage d'un projet est retenu dans le CIR, ou une certaine proportion du coût d'un chercheur.
En raison des réticences rencontrées dans le cadre des contrôles, les grandes entreprises ont formalisé des procédures internes, des outils de documentation, pour anticiper au mieux les difficultés. Un problème majeur subsiste : l'absence de contact contradictoire avec l'agent du MESR. Une piste d'amélioration consisterait donc à rendre obligatoire le dialogue entre l'expert et l'entreprise. Il faudrait que toutes les garanties qui s'appliquent au vérificateur fiscal soient les mêmes pour l'expert du MESR : confidentialité, absence de conflit d'intérêt...