L'Agence des aires marines protégées a vocation à disparaitre au 31 décembre 2015, ses personnels et ses missions étant intégralement reprises par l'Agence française pour la biodiversité. Nous souhaitons que les conditions de gouvernance locales ou générales et la prise en compte de la mer demeurent grâce à cette nouvelle agence, sachant que la biodiversité marine est beaucoup plus vaste que la biodiversité terrestre tant en superficie qu'en nombre d'espèces à protéger.
L'Agence des aires marines protégées et l'Agence française pour la biodiversité n'ont pas pour rôle de mener des études exhaustives et globales de recherche scientifique fondamentale sur les espaces sous juridiction. Elles dressent un état de la biodiversité ne serait-ce que pour justifier la création des aires marines protégées, et suivent son évolution. Il ne s'agit pas de recherche à proprement parler mais d'observation et de suivi.