L'Agence comporte 150 emplois permanents et une quarantaine d'emplois précaires, soit 190 ETP. Une campagne de survol des Antilles et de la Guyane coûte de l'ordre de 200 000 € en incluant le traitement des données. Pour la Polynésie et la Nouvelle-Calédonie, le budget s'élève à 1,5 million d'euros, ce qui est limité par rapport à une campagne océanographique. En effet, les frais de fonctionnement d'un navire océanographique s'élèvent à 30 000 € ou 40 000 € par jour.