La HAS a pour spécificité d'avoir favorisé la logique professionnelle et d'avoir recruté des professionnels issus des secteurs dans lesquels elle a des missions. Tous ont des contrats de travail, comme le prévoit un décret de 2003 relatif aux agences sanitaires, ce qui n'empêche pas que certains soient détachés en tant que fonctionnaires.