La loi portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires, dite « loi HPST », a institué les territoires de santé comme échelle territoriale infrarégionale, laissant aux directeurs généraux d’ARS le soin de les définir.
Dans certaines régions, en Franche-Comté ou dans le Limousin, il a été décidé que la région comprendrait un seul et unique territoire de santé. Cette pratique bafoue l’intention de la représentation nationale de concevoir un système de santé qui suive une logique de bassin, de manière que la planification soit la plus fidèle possible à la réalité des caractères, des besoins et des contraintes de la population.
C’est pourquoi il convient d’interdire, pour l’avenir, la pratique consistant à identifier le périmètre du territoire à celui de la région.