Monsieur le sénateur Rémy Pointereau, l’article 15 de la loi NOTRe prévoit le transfert de la compétence des transports scolaires du département à la région à compter du 1er septembre 2017, sous réserve de deux exceptions : la région d’Île-de-France, qui conservera une organisation spécifique, et le transport scolaire des élèves handicapés, qui continuera de relever des départements.
Aux termes de la même loi, la région pourra déléguer par convention tout ou partie de la compétence des transports scolaires aux départements, aux communes, aux établissements publics de coopération intercommunale, aux syndicats mixtes ou aux établissements d’enseignement, ou même aux associations de parents d’élèves ou aux associations familiales. La région pourra donc, à compter du 1er septembre 2017, déléguer tout ou partie de cette compétence aux départements ou aux intercommunalités en sa qualité d’autorité organisatrice de premier rang. En revanche, la subdélégation n’est pas permise par l’article L. 1111-8 du code général des collectivités territoriales.
En ce qui concerne la seconde partie de votre question, je vous signale que les transports scolaires organisés par les collectivités territoriales, dans la mesure où ils sont assimilés à des transports publics de voyageurs, sont imposables à la TVA, conformément à l’article 256 B du code général des impôts. Or, dans un souci de simplification, il est admis de longue date que les collectivités territoriales peuvent être exonérées de TVA sur leurs opérations de transport scolaire, dès lors qu’elles y procèdent à l’aide d’un matériel qui n’est pas affecté à d’autres opérations de transport de voyageurs.
Dans certains cas, les collectivités territoriales peuvent renoncer à cette tolérance et soumettre à la TVA les rémunérations perçues en contrepartie des prestations de transport scolaire. Il est nécessaire pour cela que l’activité de transport soit opérée à titre onéreux ; les collectivités territoriales sont alors autorisées à déduire, dans les conditions de droit commun, la TVA afférente aux dépenses affectées à ces opérations.
En revanche, lorsque la rémunération perçue est très inférieure au niveau de l’avantage procuré aux bénéficiaires du service, c’est-à-dire lorsque ce service est assuré en contrepartie d’une participation dérisoire ou symbolique, la prestation n’est pas considérée comme réalisée à titre onéreux ; elle est donc hors du champ d’application de la TVA, de sorte qu’aucune déduction n’est possible. Le caractère non dérisoire ou non symbolique de la contrepartie perçue s’apprécie au cas par cas, en fonction des circonstances propres à chaque situation. Fixer un seuil à caractère général n’est pas envisageable.