Le mode d'organisation actuel des ARS n'est pas décentralisé mais il ne s'agit pas non plus réellement d'une déconcentration en raison de l'histoire de ce secteur. Pourtant, l'autonomie est une richesse. Quel pourrait être alors le rôle des ARS ? Il faut que, sans aller jusqu'à une remise en cause complète, un signal politique clair soit envoyé qui témoigne d'une volonté de faire évoluer les choses. La demande de moratoire sur les PRS était une mesure de bon sens : les ARS se sont précipitées dans une démarche qu'elles voulaient exhaustive sans se donner le temps d'effectuer les concertations nécessaires.
Les méthodes de travail doivent être davantage partenariales. On observe aujourd'hui différents modèles d'ARS. Certaines fonctionnent réellement à la façon de préfectures, d'autres ont conservé l'esprit d'agences de mission. Sans changer grand-chose, on peut faire évoluer les méthodes de travail pour revenir à une animation politique et moins administrative. Se pose en particulier la question de savoir si le préfet de région doit continuer de présider les ARS. Cette mission ne pourrait-elle pas revenir à un élu, par exemple le président de région ?