La Cour des comptes a raison de rappeler la règle de droit commun selon laquelle la présidence du CNP échoit à un ou plusieurs ministres, ce qui en fait une instance très politique. Dans la configuration gouvernementale actuelle, la ministre de la santé et le ministre du budget ont vocation à le coprésider. Excepté une à deux fois par an toutefois, la présidence est néanmoins généralement assurée par le secrétaire général. La présidence ministérielle a pour intérêt de solenniser une séance particulière ou de donner davantage de relief à une instruction budgétaire ou un aspect stratégique important.
Deux points me paraissent en effet conditionner le bon fonctionnement du CNP : d'une part, la fréquence élevée des réunions avec le comité permanent des ARS (Coper), ce qui n'est pas compatible avec l'agenda d'un ministre ; d'autre part, la capacité décisionnaire du CNP qui n'est pas nécessairement renforcée par la présence d'un ministre ou de plusieurs ministres aux pouvoirs d'arbitrage limités. Le CNP est le lieu d'élaboration d'une pensée partagée, de la mise en discussion et du pilotage des stratégies de santé et non pas une instance de décision.