Chaque ARS devra déterminer les priorités selon les caractéristiques de son territoire. Aujourd'hui, les ARS n'ont aucun schéma d'investissement, ni transversal, ni par type d'offre de soins.
En ce qui concerne les schémas d'emploi, ils sont contraignants. Entre 2012 et 2013, le nombre d'emplois dans les ARS a baissé de 1,2 % globalement ; le taux de réduction s'élève à 2,6 % si l'on tient compte d'un ajustement technique, c'est-à-dire de la réfaction de postes qui ne sont pas pourvus. Les ARS, qui sont des structures encore jeunes résultant de l'agrégation de plusieurs services, disposent d'une grande marge d'optimisation de leur fonctionnement interne. Le programme « simplification et transformation des ARS » (Stars) consiste précisément à agir en ce sens à travers une revue de processus.