La création des agences régionales de santé répondait à deux objectifs : développer une vision intégrée et globale des problématiques de santé en région en dépassant les cloisonnements, les silos administratifs et la séparation entre les administrations d'Etat et l'assurance maladie ; faciliter l'adaptation de la politique nationale de santé aux réalités régionales et infrarégionales.
Au regard de ces objectifs, les ARS constituent un progrès indéniable et la nouvelle perspective engagée par la stratégie nationale de santé renouvelle le sujet. Les agences sont chargées de mener des débats sur cette stratégie avant qu'une loi ne vienne, en 2014, préciser les priorités de la politique nationale. En tout état de cause, la stratégie nationale de santé fait le choix des territoires en s'appuyant sur les ARS qu'elle entend conforter.