L'ensemble des ARS travaillent à renforcer la transversalité en leur sein. Malgré tout, compte tenu de la technicité des sujets traités et des spécificités qui sont propres aux différents secteurs que couvrent les ARS, il est nécessaire que les agents demeurent spécialisés. Les ARS essaient de dépasser cela en s'organisant de façon matricielle. Cette question rejoint celle de la situation des personnels. La création des ARS a remis en question leurs modes de fonctionnement traditionnels.