Concernant les relations avec les préfets, des protocoles ont été signés entre ces derniers et les ARS. Les directeurs généraux d'ARS sont loin d'être tout puissants. Ils doivent en effet rendre des comptes devant le conseil de surveillance, devant la CRSA et devant la ministre elle-même au moment de leur évaluation annuelle.
La loi a donné pour missions au conseil de surveillance d'approuver le budget, de se prononcer sur le PRS et sur les actions des ARS. Il ne s'agit cependant pas d'une instance comme il peut en exister dans les entreprises privées qui fixerait des objectifs précis au directeur général et l'évaluerait en fonction. Malgré tout, le conseil de surveillance demeure un lieu où le directeur général doit rendre compte de son action. Le fait qu'il soit présidé par le préfet de région m'apparaît légitime.
Pour ce qui est des délégations territoriales, les ARS ont été libres de les organiser comme elles le souhaitaient. Les situations varient donc selon les régions et selon le nombre de départements qui les composent. Plutôt que de rigidifier l'organisation et le fonctionnement des structures, il est préférable de mettre en place des mécanismes de concertation ad hoc avec les conseils généraux. C'est ce qui se fait actuellement, par exemple grâce à des réunions régulières entre les services de l'ARS et les services départementaux ou grâce à la création de comités de pilotage stratégiques réunissant le directeur général de l'ARS et le président du conseil général. Les directeurs généraux d'ARS sont attentifs au fait d'entretenir le dialogue avec les conseils généraux et les élus locaux en général.
Une question précédente portait sur la cohérence de l'action du secrétariat général. Elle résulte avant tout de son positionnement transversal vis-à-vis de l'ensemble des directions métiers. Le secrétariat général assume des fonctions support et doit créer les conditions pour que les directions métiers soient en mesure d'exercer au mieux leurs missions. Il est donc logique qu'il intervienne de la même façon auprès des ARS. Il n'exerce pas pour autant d'autorité hiérarchique sur ces dernières ou sur les directions d'administration centrale. Il a en revanche une mission d'animation et de coordination. La petite équipe en charge de cette mission n'a certes pas d'existence propre dans l'organigramme mais le décret du 12 août dernier, qui fixe les compétences du secrétariat général, prévoit expressément qu'un chef de service est chargé du suivi des ARS.