La T2A devait en théorie, non seulement améliorer l'efficience des établissements de santé, mais aussi assurer une plus grande transparence du financement des soins et ce faisant une plus grande équité, les actes équivalents percevant une rémunération identique. Mais l'équité ne peut être réelle que si la classification des patients est suffisamment fine.
La méthode de construction des coûts est historiquement fondée sur un panel d'une cinquantaine d'établissements représentatifs. Si elle est peu coûteuse, cette méthode pêche par une très grande hétérogénéité des coûts pour les pathologies les moins fréquentes. Le coût de l'accouchement par voie basse, pathologie très fréquente, a été établi à partir d'un échantillon de 30 000 à 33 000 données. Pour la leucémie aigüe lymphoblastique de type B, seuls 150 cas ont été analysés, ce qui entraîne nécessairement de l'hétérogénéité. Compte tenu des progrès accomplis par les établissements de santé en matière de comptabilité analytique, ne serait-il pas intéressant, pour les pathologies les moins fréquentes, de construire l'échelle de coûts, non pas à partir d'un panel d'hôpitaux, mais à partir des prises en charge effectivement constatées dans l'ensemble des établissements.