Cette complexité vient notamment du fait que, plus la situation du patient est grave, plus les possibilités de codage sont nombreuses. Pour des patients en réanimation qui présentent plusieurs défaillances d'organes, il est nécessaire d'effectuer plusieurs hypothèses de diagnostic principal, d'associer en fonction de ces hypothèses des comorbidités, avant de choisir le codage le plus adapté. Les variations entre hypothèses de codage, si elles sont moins nombreuses qu'autrefois, restent aujourd'hui importantes.
Par ailleurs, concernant les malades lourds, le système actuel de codage ne permet pas, une fois que le diagnostic principal et donc le GHS ont été déterminés, de distinguer le patient dont la situation est grave de celui dont la situation est gravissime et nécessite la mobilisation de moyens humains beaucoup plus importants. Cela conduit certains services à mêler soins continus et réanimation de façon à mieux adapter les personnels mobilisés aux besoins. Il s'agit pourtant là d'une aberration par rapport à l'esprit de la T2A.