Abordant le problème du déficit sous l'angle de la médecine de ville, M. François Autain a considéré que les médecins libéraux bénéficient en réalité des avantages du salariat, compte tenu de leur conventionnement avec l'assurance maladie et s'est déclaré favorable à la mise en place d'un conventionnement sélectif, rappelant que la Fédération hospitalière de France (FHF) le préconise également. Il s'est inquiété de l'individualisme croissant des soignants comme des assurés, qui rend délicate toute tentative de réforme du système de santé.
Il a dénoncé le lien entre l'Etat, qui détermine en particulier le prix des médicaments, et les professionnels de santé. Or, le prix des médicaments devrait être fixé par les organismes d'assurance plutôt que par le ministre et l'assurance maladie obligatoire devrait avoir la responsabilité entière pour les soins entrant dans un panier bien déterminé, le reste pouvant être transféré aux assurances complémentaires.