Le financement des investissements immobiliers des établissements est aujourd'hui mixte, puisqu'il repose d'une part sur l'autofinancement et l'emprunt, l'un et l'autre s'imputant sur les recettes d'exploitation, et d'autre part sur des subventions. Cela peut paraître bancal, mais intégrer les investissements dans la T2A oblige les établissements à plus de rigueur dans leurs décisions. Certains établissements ont en effet rencontré des difficultés financières en raison d'investissements surdimensionnés lancés sur la base de prévisions d'activité irréalistes. D'autres subissent des difficultés de même type à la suite d'investissements pourtant pertinents. Il n'y a pas de réponse évidente à la question du financement de l'investissement. Dans un pays comme le Royaume-Uni, l'investissement est financé par le National Health Service, qui est propriétaire des biens immobiliers, et chaque établissement paie un droit d'usage du capital. Cela permet de lisser les à-coups.