La Cour des comptes souligne les effets pervers liés aux évolutions différenciées des composantes de la T2A. En particulier, le tarif journalier de prestations (TJP) serait devenu une variable d'ajustement face à des recettes tarifaires peu dynamiques. Le TJP, au même titre que les aides à la contractualisation, constitue pourtant une entorse au principe de la T2A.