De moins en moins d'établissements sont déficitaires. Le volume des déficits diminue et se concentre sur un petit nombre d'établissements. Est-ce dû à une mauvaise gestion ? Non. Certains hôpitaux généraux ont dû consentir des investissements massifs pour mettre leurs bâtiments aux normes de sécurité, les désamianter, etc. Or le financement de l'Etat ne prend pas en compte les frais financiers qui, pour un emprunt à trente ans, peuvent représenter la moitié du coût de l'opération.
En outre, la situation géographique de plusieurs hôpitaux généraux - c'est moins vrai des CHU - explique que certaines de leurs activités soient structurellement déficitaires. Elles devraient être financées par les Mig, dont c'est la vocation. La nature même des activités est parfois en cause : ainsi, presque tous les services de néonatologie perdent de l'argent, parce que des normes imposent la présence permanente d'un nombre minimal de médecins, d'infirmiers, de puériculteurs. On a calculé qu'un service de néonatologie devait compter plus de douze lits pour amortir ses frais ; or presque aucun d'entre eux n'est dans ce cas !