L'administration des douanes s'intéresse, il est vrai, en premier lieu aux marchandises déchargées sur le territoire national ou européen. Il y a une exception : dans le cadre de l'Import Control System (ICS), qui vise à protéger l'espace européen, certains transporteurs doivent fournir un jeu de données dématérialisées pour les marchandises touchant le premier point communautaire. Cela peut être, par exemple, un port d'un département d'outre-mer qui sera le premier point communautaire atteint depuis un pays tiers.
Cette obligation relève non pas des contrôles douaniers classiques ou des contrôles sanitaires ou phytosanitaires, mais de la mise en oeuvre de mesures de sûreté. Elle n'est pas exercée lorsque le bateau arrive, mais quand la marchandise va quitter le pays tiers.
En dehors de ce cas précis, la douane s'intéresse plutôt aux marchandises déchargées. Je suis donc quelque peu surpris et, sauf l'exception de l'ICS, je ne vois pas à quoi la situation que vous avez décrite correspond.