La Nouvelle-Calédonie étant compétente en matière de réglementation zoo- et phytosanitaire depuis l'adoption de la loi organique statutaire de 1999, la Nouvelle-Calédonie a fait le choix d'un système allant vers la protection optimale des consommateurs et de l'environnement en suivant un modèle de biosécurité qui s'appuie plus ou moins sur les dispositions en vigueur dans la région de l'Océanie-Pacifique, marquée par les chefs de file australien et néozélandais.
La mise en place de ce double système pose la problématique des normes et des variables d'ajustement, caractéristiques de la Nouvelle-Calédonie. Le débat public, à l'heure actuelle, se concentre sur la qualité des denrées par rapport aux substances actives pouvant être contenues dans les produits phytopharmaceutiques autorisés en Nouvelle-Calédonie, aux limites maximales de résidus ou encore aux hormones contenues dans la viande bovine ou du mercure dans les poissons pélagiques. Un point d'équilibre doit constamment être trouvé.
Les articles 4 et 22 de la loi organique donnent compétence à la Nouvelle-Calédonie sur les problématiques zoo- et phytosanitaires, sur les abattoirs ainsi que sur les contrôles sanitaires, également aux frontières. La règlementation a été adoptée dans ses grands principes mais nécessite d'être peaufinée. La pierre angulaire du dispositif est une règlementation sur la biosécurité aux frontières internationales, votée par le Congrès calédonien en décembre 2012. Plusieurs années ont été nécessaires pour la publication d'un premier texte d'application sur les conditions d'entrée des produits à risques végétaux et animaux. Cette délibération ne traite toutefois pas des exportations et ne prévoit aucune sanction pénale. Bien que d'autres arrêtés doivent encore la compléter, les services parviennent à fonctionner.
Certains aspects ne sont pas ou sont peu couverts par la règlementation, notamment les engrais et les matières fertilisantes, dans un contexte où les provinces calédoniennes, en charge des problématiques de développement agricole et d'environnement, souhaitent par exemple favoriser la fabrication de compost à base de déchets verts abondants en milieu tropical. Cette valorisation peut être complexifiée par les fortes teneurs en nickel ou en cuivre non admises par les normes françaises ou européennes. Le contrôle des établissements de production de végétaux, les pépinières, n'est également pas encore couvert par une règlementation spécifique.
La Nouvelle-Calédonie ne dispose pas de réseaux d'épidémio-surveillance et mobilise donc des structures partenaires, notamment les réseaux des groupements de défense sanitaires (GDS) issus des commissions de la chambre d'agriculture. Néanmoins, aucun dispositif n'est prévu au niveau règlementaire.
La Nouvelle-Calédonie a opté pour un contrôle strict des importations pour la protection zoo- et phytosanitaire mais des progrès restent à réaliser en matière de règlementation. En particulier, les pouvoirs des agents et les sanctions prévues ne sont pas en cohérence avec l'ambitieuse politique de biosécurité que promeut la Nouvelle-Calédonie, contrairement à l'Australie, par exemple, qui applique de fortes amendes (environ 200 dollars australiens, soit 150 euros) lors de tout franchissement de sa frontière avec des objets et des matières en infraction avec sa règlementation zoo- et phytosanitaire.