En ce qui concerne la biosécurité, la notion dominante adoptée est celle du continuum, avec un système de protection stricte aux frontières. Une action préventive est en effet moins onéreuse que la lutte contre les maladies et d'éradication de ravageurs qui seraient parvenus à pénétrer sur le territoire.
Ce dispositif, qui s'inspire fortement des systèmes australiens et néozélandais, concerne les marchandises mais aussi les vecteurs qui les transportent. Toutes les marchandises potentiellement à risques, les appareils les transportant (avions, navires, conteneurs, véhicules, etc.) ainsi que les lieux par lesquels elles transitent (ports, aéroports) sont inspectés. Les investigations sont à la fois documentaires et physiques in situ.
Ces marchandises considérées comme à risque sont listées par la règlementation mais rien n'interdit d'inspecter d'autres types de marchandises qui pourraient paraître de prime abord anodines (poteries, pneus, etc.).
À la différence de l'Australie ou de la Nouvelle-Zélande, la Nouvelle-Calédonie n'externalise pas les contrôles. Pour la Nouvelle-Zélande, des agents sont présents dans les pays exportateurs pour inspecter la marchandise avant son départ, ce qui est moins coûteux pour l'État et pour l'industrie.
Il est difficile d'avoir une réponse tranchée sur la question de savoir dans quelle mesure et pour quelles productions les normes sanitaires et phytosanitaires calédoniennes sont plus exigeantes ou plus souples que les normes européennes et australiennes, puisqu'elle implique une connaissance des normes de tous ces pays. En outre, les normes européennes sont relativement compliquées mais d'une manière générale, les normes calédoniennes en matière zoo- et phytosanitaire sont plus strictes que les normes européennes et moins contraignantes que celles appliquées en Australie et en Nouvelle-Zélande.
Par exemple, l'importation de certaines espèces reproductives, telles que les porcs, est interdite. La charcuterie française également, de même les crustacés vivants, notamment les crevettes crues, en raison d'une filière aquacole qui emploie un millier de personnes et constitue la principale filière d'exportation aquacole. La Nouvelle-Calédonie est indemne de nombreuses maladies et entend pérenniser cette situation en exerçant une stricte vigilance sur les importations et en refusant les certifications de certains pays tiers. L'importation de certains fruits et légumes n'est pas autorisée si les études de risques n'ont pas été réalisées. C'est le cas de la banane, dont la filière est relativement développée, et, comme culture vivrière, appartient à un modèle social à protéger. Des espèces végétales sont considérées comme envahissantes tandis que certaines espèces animales ne sont pas présentes en Nouvelle-Calédonie. L'introduction d'espèces comme les nouveaux animaux de compagnie (NAC), tels que la belette, aurait un impact trop important en matière environnementale pour être autorisée.
250 000 plantes entrent chaque année en Nouvelle-Calédonie, dont 70 000 à 80 000 plantes ornementales. Sur ces dernières, le taux d'interception lors des contrôles physiques s'établit à 70 à 80 %. L'importation de matériels reproductifs, tels que les fruitiers et les bananiers, est interdite mais elle peut être exceptionnellement autorisée sur arrêté du gouvernement lorsque ces plantes sont destinées à la recherche, les structures concernées disposant des moyens pour détecter d'éventuelles maladies.
En matière zoo-sanitaire, sont imposées une pré-quarantaine au départ et une quarantaine à l'arrivée. En revanche, aucune quarantaine végétale n'est prévue. Son instauration nécessiterait des moyens importants qui n'ont pas encore été mis en oeuvre. Ce dispositif existe en Australie et en Nouvelle-Zélande, où des essais générationnels sont effectués sur les semences importées.