Les territoires sont exclus de l'ancienne et de la nouvelle législation du fait de leur situation phytosanitaire spécifique. Les conditions d'importations sont identiques pour tous ces territoires, excepté en cas de mesures d'urgence ciblées. L'UE a établi une liste d'organismes nuisibles de quarantaine, qui doit être respectée. Aucune distinction n'est faite entre les territoires d'outre-mer ou le Brésil et l'Argentine.