Les rôles joués par les autorités nationales et européennes comme la DG Santé, l'Agence européenne de sécurité alimentaire (EFSA) et les opérateurs nationaux tels l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), sont des rôles complémentaires.
Pour l'évaluation des pesticides, une législation européenne distingue les substances et les produits phytosanitaires. Concernant l'évaluation des substances, une coopération existe entre les différentes autorités. Les autorités nationales, telles que l'ANSES, figurent au premier plan : désignées comme rapporteurs pour une substance, elles en font l'évaluation selon les normes européennes. Cette évaluation est transférée à l'EFSA, qui effectue une révision. Le résultat de ces deux séries de travaux, nationaux et européens, est transmis à la DG Santé qui prend la décision d'approuver ou non la substance. À noter que la DG Santé peut approuver une substance en émettant des conditions.
S'agissant de l'autorisation des produits phytosanitaires, il revient aux autorités nationales d'évaluer les produits et d'accorder les autorisations. Un travail européen est également réalisé. L'UE est divisée en trois zones, la France étant située dans la zone Sud. Par exemple, l'ANSES peut être en charge de l'évaluation d'un produit pour l'ensemble de la zone. Sur la base de cette évaluation zonale, les autres pays de la zone accordent leur autorisation.
Sur la question de l'harmonisation des normes et des procédures sanitaires et phytosanitaires entre les États membres de l'Union, l'UE dispose d'une législation depuis 1991.
Une nouvelle législation, en vigueur depuis 2009, a apporté des améliorations notamment en termes de reconnaissance mutuelle des autorisations nationales. Une base de données recensant toutes les substances approuvées par l'UE a été mise en ligne et est accessible à tous gratuitement. Une base de données listant toutes les autorisations accordées par l'ensemble des États membres sera également très prochainement mise en ligne.
Les critères d'approbation des substances, les méthodes d'évaluation ainsi que les données requises pour obtenir ces autorisations sont les mêmes dans l'ensemble de l'UE.