Les normes phytosanitaires qui s'appliquent aux produits importés sont identiques à celles imposées aux marchandises produites au sein de l'UE. Les limites de résidus fixées par l'UE s'appliquent à tous les produits mis sur le marché de l'UE, qu'ils viennent de pays tiers ou qu'ils soient produits dans l'UE. Les limites de résidus, identiques pour tous, sont fixées en fonction des substances approuvées dans l'UE pour certains usages. Ce schéma général est décrit dans une grille reprenant les substances et les valeurs autorisées.
Quid des substances utilisées dans les pays tiers qui ne seraient pas autorisées en Europe ? Il est possible pour les importateurs d'obtenir des tolérances à l'importation. Un dossier doit être réalisé pour prouver que l'usage fait de cette substance dans le pays tiers laissera des résidus dans les produits importés qui ne poseront pas de problèmes pour la santé des consommateurs. Il est possible, en effet, pour des producteurs d'utiliser des substances interdites par l'UE s'ils arrivent à prouver que le résidu n'est pas dangereux pour la santé des consommateurs.
Parmi ces substances non autorisées par l'UE, certaines pourraient l'être mais aucun dossier n'a été déposé, car les firmes les produisant ne sont pas intéressées par le marché européen. C'est pourquoi les pays tiers ont besoin de ces tolérances à l'importation.
Cependant, l'UE ayant le souci de la protection de l'environnement et des travailleurs, elle est susceptible d'interdire une substance considérée comme dangereuse selon ces critères, qui peut toutefois continuer d'être utilisée dans des pays tiers où la législation du travail et celle relative à l'environnement sont différentes. Aussi, un différentiel de concurrence existe puisque les agriculteurs européens ne peuvent pas utiliser ces substances, contrairement aux agriculteurs de pays tiers. Tel est le cas par exemple des mesures strictes adoptées récemment sur les néonicotinoïdes en vue de la protection des abeilles, ces substances continuant à être utilisées dans les pays tiers.