Les principales contraintes relevées sont liées aux régulations de marché qui ne sont pas suffisamment assurées, la disponibilité de certains produits étant variable. Par exemple, la production bio ne dispose pas de tous les intrants nécessaires, ce qui freine considérablement son développement en Guadeloupe.
Les producteurs d'agrumes ont été touchés par une forte crise avec le citrus greening. On constate que les importations ne prennent pas le relai des productions locales mais interviennent comme concurrentes dans l'approvisionnement du marché. Cette situation ne permet pas le développement des filières concernées, d'autant qu'il s'agit d'un phénomène ancien.
Parmi les autres problématiques figurent la lenteur de l'homologation phytosanitaire, une disponibilité des produits parfois défaillante, ainsi que l'inadaptation au milieu tropical des normes appliquées en Europe continentale.