La filière aquacole est également impactée. Elle est régie par une législation conçue pour résoudre les difficultés éprouvées par la pisciculture bretonne. Elle a établi des référentiels relatifs aux matières en suspension ou aux phosphates.
Si les normes sont respectées pour le phosphate, puisque l'élevage est peu intensif, un souci demeure pour les aquaculteurs guadeloupéens concernant les matières en suspension. Ces dernières peuvent être de la matière inerte polluante comme des corps de poisson ou des restes d'aliments, comme en Bretagne, mais en Guadeloupe, il s'agit de rejets de phytoplancton, soit des micro-algues vivantes. Or, les textes ne distinguent pas ces deux matières en suspension alors que, concrètement, le producteur guadeloupéen ne pollue pas.
L'aquaculteur est soumis à des normes d'abattage comme un éleveur. Les contraintes normatives sont inadaptées à de petits élevages qui, seuls, existent en outre-mer. Il faudrait adapter la réglementation aux petites structures de production. Chaque nouvelle réglementation devrait être déclinée pour les outre-mer.