Le chef d'entreprise est soumis à une obligation de discrétion et de sécurisation des données concernant ses salariés, au risque de voir sa responsabilité pénale engagée. Or un grand nombre de PME externalisent l'élaboration des bulletins de salaire : on voit mal le chef d'entreprise faire signer à son expert-comptable un avenant transférant la responsabilité pénale sur ce dernier... La sécurisation des données pose donc un vrai problème dans les rapports entre les experts-comptables et les PME.
En outre, en cas de coupure de connexion d'internet, à supposer déjà que toutes les zones rurales soient couvertes, une entreprise pourrait se voir infliger, en plus de la charge qu'elle assume pour rendre service à la DGFiP, une amende pour non-respect des délais de reversement d'acomptes ou de DSN.